Pravilna organizacija kućne ljekarne ključna je za sigurnost i učinkovitost. Lijekovi i pribor trebaju biti pohranjeni na suhom, hladnom i tamnom mjestu, izvan dohvata djece. Dobro je koristiti kutije ili ormariće s odvojenim odjeljcima za različite vrste lijekova i potrepština. Na taj način lakše se pronalaze potrebni proizvodi u hitnim situacijama.
Označavanje i preglednost omogućuju brzu provjeru sadržaja. Lijekove je korisno razvrstati prema vrsti – npr. analgetici, antipiretici, sredstva za probavu i prva pomoć. Redovita provjera osigurava da se proizvodi s isteklim rokom trajanja uklone i zamijene novima. Organizacija također uključuje i održavanje čistoće i higijene ljekarne.
Sigurna pohrana dodatno štiti članove obitelji. Posebno je važno držati ljekarnu izvan dohvata djece i kućnih ljubimaca. Pravilno organizirana i pohranjena kućna ljekarna olakšava pristup potrebnim proizvodima te osigurava mir i sigurnost u svakodnevnom životu.